Простий
пошук
Розширений
пошук
Покажчики
Професійний
пошук
Рубрикатор
НБУВ
Розподілений
пошук

Бази даних

Наукова періодика України - результати пошуку

Книжкові видання та компакт-диски
Журнали та продовжувані видання
Автореферати дисертацій
Реферативна база даних
Наукова періодика України
Тематичний навігатор
Авторитетний файл імен осіб
Mozilla Firefox Для швидкої роботи та реалізації всіх функціональних можливостей пошукової системи використовуйте браузер
"Mozilla Firefox"
Вид пошуку
Повнотекстовий пошук
 Знайдено в інших БД:Журнали та продовжувані видання (2)Реферативна база даних (14)
Список видань за алфавітом назв:
A  B  C  D  E  F  G  H  I  J  L  M  N  O  P  R  S  T  U  V  W  
А  Б  В  Г  Ґ  Д  Е  Є  Ж  З  И  І  К  Л  М  Н  О  П  Р  С  Т  У  Ф  Х  Ц  Ч  Ш  Щ  Э  Ю  Я  

Авторський покажчик    Покажчик назв публікацій


Пошуковий запит: (<.>A=Tukalo M$<.>)
Загальна кількість знайдених документів : 4
Представлено документи з 1 до 4
1.

Tukalo M. A. 
Recognition of tRNAs with a long variable arm by aminoacyl-tRNA synthetases [Електронний ресурс] / M. A. Tukalo, G. D. Yaremchuk, O. P. Kovalenko, I. A. Kriklivyi, O. I. Gudzera // Biopolymers and cell. - 2013. - Vol. 29, № 4. - С. 311-323. - Режим доступу: http://nbuv.gov.ua/UJRN/BPK_2013_29_4_8
У клітинах евкаріотів тРНК трьох специфічностей - тРНК<^>Ser, тРНК<^>Leu і тРНК<^>Tyr - мають довгу варіабельну гілку довжиною 11 - 20 нуклеотидів (2-га група тРНК) на відміну від чотирьох або п'яти нуклеотидів 1-ї групи тРНК. Підсумовано результати проведених досліджень структурних основ упізнавання та дискримінації тРНК 2-ї групи серил-, тирозил- і лейцил-тРНК синтетазами з Thermus thermophilus (CepPC, TиpPC і ЛейPC), одержаних методами рентгенівської кристалографії та хімічної модифікації тРНК у розчині. На сьогодні кристалічна структура відома для всіх трьох комплексів аміноацил-тРНК синтетаз з відповідними тРНК 2-ї групи, різні типи впізнавання яких обговорено в огляді. Зокрема, особливу увагу приділено результатам аналізу впізнавання гомологічними синтетазами характерних рис просторової структури тРНК 2-ї групи. У тРНК<^>Ser, тРНК<^>Leu і тРНК<^>Tyr орієнтація довгої варіабельної гілки відносно основного тіла тРНК відрізняється та контролюється різною упаковкою корової частини молекули. У разі CepPC N-кінцевий, а в разі TиpPC - C-кінцевий домени зв'язуються з певними структурами довгих варіабельних гілок гомологічних РНК, упізнаючи таким чином унікальну структурну форму тРНК. Корова частина тРНК<^>Leu має кілька шарів незвичайних пар основ, виявлених під час вивчення кристалографічної структури комплексу тРНК<^>Leu з ЛейPC із Т. thermophilus та під час дослідження вільної тРНК у розчині за методом хімічної модифікації з використанням специфічних реагентів. У кристалографічній структурі комплексу ЛейPC-тРНК<^>Leu унікальна будова D-стебла впізнається C-кінцевим доменом ЛейPC і ці дані добре узгоджуються з результатами, одержаними в розчині. ЛейPC притаманний канонічний для синтетаз I структурного класу тип упізнавання тРНК - з боку D-стебла і малої борозенки акцепторного стебла. Для CepPC також характерний канонічний для синтетаз II структурного класу тип упізнавання тРНК - з протилежного боку, тобто з боку варіабельного стебла і великої борозенки акцепторного стебла. І, нарешті, TиpPC на відміну від канонічного для ферментів I класу типу має тип упізнавання тРНК, властивий синтетазам II класу.
Попередній перегляд:   Завантажити - 1.453 Mb    Зміст випуску    Реферативна БД     Цитування
2.

Yaremchuk A. D. 
Prolyl-tRNA synthetase from Thermus thermophilus is eukaryotic-like but aminoacylates prokaryotic tRNA Pro [Електронний ресурс] / A. D. Yaremchuk, K. S. Boyarshin, M. A. Tukalo // Biopolymers and cell. - 2012. - Vol. 28, № 6. - С. 434-440. - Режим доступу: http://nbuv.gov.ua/UJRN/BPK_2012_28_6_5
Попередній перегляд:   Завантажити - 115.632 Kb    Зміст випуску     Цитування
3.

Rayevsky A. V. 
Molecular docking and molecular dynamics simulation studies on Thermus thermophilus leucyl-tRNA synthetase complexed with different amino acids and pre-transfer editing substrates [Електронний ресурс] / A. V. Rayevsky, M. A. Tukalo // Biopolymers and cell. - 2016. - Vol. 32, № 1. - С. 61-69. - Режим доступу: http://nbuv.gov.ua/UJRN/BPK_2016_32_1_10
Мета роботи - вивчення структурних особливостей, що забезпечують селективність аміноацилюючого сайту лейцил-тРНК синтетази із Thermus thermophilus (LeuRSTT) по відношенню до амінокислот, і пояснення механізму зв'язування субстрату претрансферного редагування. Вісім амінокислот, запропонованих як субстрати аміноацилювання і вісім аміноациладенілатів (сформованих з АМФ і восьми амінокислот) було підготовлено у вигляді цвіттер-іонів. Кристалічну структуру білка із субстратом в аміноацилюючому сайті [PDBID:1OBH] було одержано із RCSB бази даних. Параметри докінгу й оцінка ефективності ліганду припускали дворазовий аналіз конформацій за допомогою пакету Gold CCDC. Моделювання молекулярної динаміки проводилось з використанням Gromacs. Процедури релаксації та детального дослідження було розподілено на 2 послідовних моделювання тривалістю 50 нс і 5 нс. Оцінку ефективності зв'язування 8-ми амінокислот було здійснено завдяки аналізу на основі 2-х оціночних функцій і було показано, що ліганди LeuRSTT за цими властивостями можна розташувати в наступному порядку: Leu > Nva > Hcy > Nle > Меt > Cys > Ile > Val. МД показала нижчі електростатичні взаємодії ізолейцину з активним сайтом ферменту у порівнянні з норваліном і лейцином. У випадку аміноациладенілатів суттєвих відмінностей не було знайдено. Молекулярна динаміка лейцил-, ізолейцил- і норваліладенілату показала, що найбільш стабільним і конформаційно вигідним субстратом є лейцин, а не норвалін і ізолейцин. Крім того, було виявлено, що TYR43 в активному сайті екранує карбоксильні групи лейцину і норваліну і відхиляється убік за присутності ізолейцину, дозволяючи молекулі води наблизитися. Висновки: в дослідженні виявлено деякі причини відбору субстратів залежно від форми, розміру і гнучкості радикала. Результати для різних амінокислот, одержані за допомогою молекулярного докінгу і МД, добре корелюють з експериментальними даними за першим етапом аміноацилювання. МД аміноациладенілатів показала, що складність в активації деяких амінокислот може бути викликана двома причинами: надмірною гнучкістю через розмір радикалу або структуру і швидким гідролізом проміжного субстрату під час нуклеофільної атаки молекулами води.
Попередній перегляд:   Завантажити - 725.783 Kb    Зміст випуску    Реферативна БД     Цитування
4.

Rybak M. Yu. 
Cloning, expression and purification of D-Tyr-tRNA Tyr -deacylase from Thermus thermophilus [Електронний ресурс] / M. Yu. Rybak, O. P. Kovalenko, I. A. Kryklyvyi, M. A. Tukalo // Biopolymers and cell. - 2015. - Vol. 31, № 3. - С. 179-186. - Режим доступу: http://nbuv.gov.ua/UJRN/BPK_2015_31_3_4
D-Тир-тРНК<^>Тир-деацилаза (DTD) є консервативним білком, що забезпечує додатковий коригувальний етап гідролізу помилково аміноацильованих субстратів D-Тир-тРНК<^>Тир. DTD здатна приcкорювати гідроліз ефірного зв'язку в комплексі D-Тир-тРНК<^>Тир, утворюючи вільну тРНК та D-Тир, таким чином запобігаючи включенню D-амінокислот до білків. Деацилаза розрізняє D- та L-аміноацильні залишки в аміноацильованій тРНК та не гідролізує останні. Структурні основи такої специфічності та механізм гідролізу D-аміноацил-тРНК за участі DTD є недостатньо зрозумілими. Мета. Клонувати D-Тир-тРНК<^>Тир-деацилазу з T. thermophilus(DTDTT), оптимізувати умови її експресії в E. coli, розробити ефективний метод очищення з високим виходом високоякісного ферменту, для структурних та функціональних досліджень. Ампліфікацію та клонування гена DTD з геномної ДНК T. thermophilus в pProEXHTb експресуючий вектор проведено за стандартними молекулярно-біологічними методами. Очистку рекомбінантного DTD білка проведено хроматографічно. Залишки гістидину відщеплено від DTD протеазою вірусу тютюну (TEV), ефективність реакції перевірено Вестерн-блот аналізом з анти-His-антитілами. Молекулярну масу очищеної DTDTT визначено гель-фільтрацією. Одержану конструкцію pProEXHTb, що містить DTD послідовність з T. thermophilus, експресовано в E.coli штаму BL21(DE3)pLysS. Цільовий рекомбінантний білок виділено і очищено комбінацією хроматографій: афінної (Ni-NTA), аніон-обмінної (Q-Sepharose) та гель-фільтрації (Superdex S200) до чистоти 90 %. Вихід рекомбінантної DTD склав 2 мг з одного літру культури. Визначена молекулярна маса очищеної DTD з T. thermophilus 32 кДа свідчить на користь її димерної структури. Висновки: одержаний вектор pProEXHTb, що містить DTD з T. thermophilus, і підібрані умови очистки надають змогу одержати рекомбінантний DTD в кількостях, достатніх для подальших структурно-функціональних досліджень.
Попередній перегляд:   Завантажити - 320.244 Kb    Зміст випуску    Реферативна БД     Цитування
 
Відділ наукової організації електронних інформаційних ресурсів
Пам`ятка користувача

Всі права захищені © Національна бібліотека України імені В. І. Вернадського